Trước thực trạng ô nhiễm môi trường tại các cảng, bến cần phải xây dựng và hình thành quy trình giám sát môi trường riêng cho cảng thủy nội địa.
Lực lượng chức năng thường xuyên kiểm tra, xử lý các hành vi xếp dỡ, vận chuyển hàng hóa quá tải trong và ngoài khu vực cảng, bến.
Nhằm thực hiện theo đề nghị của Bộ GTVT, Chủ tịch UBND tỉnh Phú Yên đã yêu cầu tăng cường quản lý bến thủy nội địa và KSTTPT đường bộ.